სსიპ ჯანმრთელობის ეროვნული სააგენტო შეიქმნა 2020 წელს. მისი საქმიანობის მიზანია მოსახლეობის ჯანმრთელობის დაცვის სფეროში სახელმწიფო პოლიტიკის რეალიზაცია და მისი განხორციელების ხელშეწყობა.

ჯანმრთელობის ეროვნული სააგენტო უზრუნველყოფს სფეროში არსებული მიღწევების შენარჩუნებას, ჯანმრთელობის დაცვის პროგრამების განხორციელების გასაუმჯობესებლად - ბენეფიციარის საჭიროებებზე ორიენტირებული ჯანდაცვის სერვისების განვითარებას, საბიუჯეტო ფინანსური რესურსების გამჭვირვალედ და ეფექტიანად ხარჯვაზე მუდმივ მონიტორინგს, მოსახლეობასთან ურთიერთობის გააქტიურებით, სამედიცინო მომსახურების ხარისხის სრულყოფას.

გარდა ცენტრალური აპარატისა, სააგენტოს სტრუქტურაშია 10 რეგიონული საკოორდინაციო ცენტრი, რომლებიც მოქმედებენ სააგენტოს სახელით შესაბამის ადმინისტრაციულ-ტერიტორიულ ერთეულში.