ჯანმრთელობის ეროვნული სააგენტოს ძირითადი ფუნქციებია:

 

» მოსახლეობის ჯანმრთელობის დაცვის სფეროში შესაბამისი სახელმწიფო პროგრამების განხორციელება,    კანონმდებლობით მინიჭებული უფლებამოსილების ფარგლებში;

» სერვისების განვითარება/სრულყოფა, ჯანმრთელობის დაცვის პროგრამების განხორციელების გასაუმჯობესებლად;

» საქართველოს მოქმედი კანონმდებლობით მინიჭებული სხვა ფუნქციებისა და უფლებამოსილებების განხორციელება.